中澳环境发展伙伴项目在澳大利亚对华援助项目史上非常特殊，它没有专门的对口单位，但这不是项目设计上的疏漏。中澳环境发展伙伴项目的新颖性在于其双向的伙伴关系，而非传统意义上的单方技术/资源的转让，因此，需要一种完全不同的方法，使其具有包容性、动态性，能够对双方政府决定的任何应急优先政策领域，及时做出反应。
项目合作伙伴是对中澳环境发展伙伴项目工作表示兴趣、愿意承担责任并享受其工作优待的政府机构。目前，项目合作伙伴均为国家级政府机构，但将来合作伙伴也可以由省级和/或地方政府、私人企业或非政府组织构成。任何机构、组织或个人原则上均可以根据项目申请指南，提交资金申请建议书。
项目核心合作伙伴是中澳环境发展伙伴项目与中澳政府之间最直接的联系。他们负责确保项目与国家优先政策领域保持一致，并在现有基础上，促进双边和地区合作。
通过中澳环境发展伙伴项目，项目核心合作伙伴享有史无前例的共同决策权，其长期目标之一是为这些联系的发展，战略性地配备资金。中澳环境发展伙伴项目因此可以成为一个有效的机制，通过互派技术骨干或高级官员出访或参加研讨会，为现有双边政策对话提供支持。
在项目开展的第一年中，澳大利亚国际发展署邀请了9个核心合作伙伴做为其项目执行活动的牵头单位，充分体现了项目早期的重点是水资源管理。