中澳生态与环境发展项目的高层决策主体——第二届中澳高层圆桌会议，于2008年9月8日在澳大利亚堪培拉举行, 项目主管单位:澳发署和商务部共同主持了本次会议。参加会议的有九个核心合作伙伴的代表、环境顾问组成员、项目协调办公室、承包商GHD公司及其他有关专家。此外，澳大利亚气候变化部和中国驻澳使馆也派代表参加了会议。会议议题主要包括中澳生态与环境发展项目的环境优先合作领域、澳方机构参与项目的途径与方法、如何把具体项目层面的成果升级到整体项目层面并开展政策干预和对话、资金机制的改进、以及气候变化和四川地震的重建恢复等突发问题。同时，会议也对中澳生态与环境发展项目的进度报告、政策回顾与评价报告、项目战略方向和项目的年度计划等内容进行了深入的探讨。本次会议上原则上通过了相关的报告和文件，项目协调办公室将结合参会人员的意见，对这些报告和文件加以修改。项目运行手册也据此进行更新，并建立新的项目资金申请程序。